Необходим пример файла, чтобы иметь представление, покрутить, посмотреть. По описанию:
Есть вероятность, что что-то не так с файлом. Пробовали воспользоваться утилитами по работе с проблемными файлами Audit, purge и прочее?
Большой файл можете почистить, оставив только проблемную часть.