Александр, добрый день!
1. Что бы понять проблему нужен проект. Возможно все глюки из за подосновы. Нужно смотреть.
2. В одном чертеже располагаться, должны только подвал, так как трубы проходят по всем корпусам. Оформить мы их можем каждый корпус в своем листе с помощью видовых экранов. А вот этажи по каждому корпусу можно делать каждый в своем чертеже.
3. Можете прислать чертеж?